仍无人知晓。初生帝国的第一批星际战士部队就在那时建立，每一支部队都使用了一名基因原体的基因遗传序列。尽管已经稀释了百倍，但是一个普通人类的身体仍然无法容纳这样的力量。每一个基因原体都领导着一个星际战士军团，每个军团的规模都比后来的战团大得多，拥有数以万计的星际战士。很多基因原体名垂千古，有关他们所作所为的故事成为了传奇，像LionEl’Jonson,莱曼鲁斯,RogalDorn这样的名字，以及天使般的圣吉列斯，在每一个人类定居的世界都受到敬畏。他们获得了仅次于帝王本人的尊崇。其他追随荷鲁斯背叛帝皇的基因原体则被人们所诅咒，因为他们自恃势众，支持荷鲁斯的反人类行为。在伟大圣战的巅峰时期，荷鲁斯带领他的反叛军团与仍忠于帝皇的军团作对。数以百计的世界在邪神的名义下被毁灭，倾泻着前所未有的恐惧。有关那些时代的许多真相都已丢失，被掩盖在时间的迷雾中或是被美化为“巨人踏足世界，整个星球随着他上千次雷鸣般的践踏脚步自行崩裂”这样的传说。叛军中，作乱的战帅荷鲁斯一往无前，直到被仍忠于人类之主的星际战士挡在地球皇宫高墙外的护城河边。邪恶的力量排泄着对人类的怒火，在这个绝望的时刻，帝皇采用了最危险的方法。圣血天使的圣吉列斯和帝王之拳的RogalDorn，共同率领着他们最勇敢的星际战士，陪伴帝王冲进了荷鲁斯的复仇之神号战列攻击舰。当时那艘船正趾高气扬地停在地球的轨道上。帝皇和他的武士们用灵能传送到了荷鲁斯的战列攻击舰上，但在战帅布满暗黑魔法的堕落战舰里，他们一登舰就失散了。荷鲁斯单独劝说天使般的圣吉列斯投靠混沌，但遭到了拒绝。当帝皇找到荷鲁斯时，圣吉列斯已惨遭屠戮。但是，有人坚持称，圣吉列斯给他以前的兄长留下了一个小的伤口。荷鲁斯和帝皇都发动灵能并进行肉搏，荷鲁斯浑身充斥着混沌的毁灭能量，给了帝皇致命一击，但最终，帝皇的意识力占了上风，荷鲁斯被帝皇用尽最后的力量击倒。这个叛徒从身体到灵魂都被完全毁灭，随着他的死亡，叛乱的军团土崩瓦解。当Dorn和他的武士们最终找到战帅的密室时，见到了帝皇残破的躯体，他们悔恨的泪水恸彻地球。RogalDorn，最刚强和果断的基因原体，将他父皇的身体带回地球。在瘫痪的帝皇的指引下，帝皇的身体被装进一个叫做黄金王座的奇形机器里，这是一个灵能增幅器，用灵能者不断地自我献祭来维持帝皇永恒的存在。混沌力量的追随者被击败了，但这个胜利付出了可怕的代价。基因原体们反目成仇，而帝皇对于帝国和人类的伟大设想毁于一旦，人类最终、最美好的希望也永远无法实现了。皇帝建立的人类银河帝国几乎崩溃，之后用了多年它才将所有的叛军击败，并把叛军赶入了地狱般的恐惧之眼。在痛苦地狱般的荷鲁斯大反乱最终平息后，人类死伤总数以十亿计，（有说法称实际上为7万亿人死亡），无数的世界变成了几乎只有死尸和鬼魂的废土，人类走到了灭绝的边缘。

荷鲁斯大反乱揭示了几个早期星际战士军团的基因核缺陷，在伟大圣战时，这些缺陷在为获得应对惨烈战争的恐怖力量而进行的巨大基因重塑中恶化。渗入体内的混沌力量变得可以控制战士走向堕落，将荷鲁斯与一大批星际战士转变，在其命令下与帝皇对抗。当荷鲁斯被击败后，为避免类似的灾祸重现人间，帝国决定重组星际战士。每个星际战士军团被分割成一定数量的战团，其中一个可以继承初创时的军团名号，而其他的则被赋予新的名称。这个事件被称为二次建军，在之后的一万年中，进行了二十四次以上的进一步建军。现在无法准确知道荷鲁斯大反乱后总共建立了多少战团，因为帝国的许多记录不全或者完全遗失，而战团也在随后的千年中不断创建和毁灭。唯一知道的是在帝国境内聚集着超过一千个战团，每一个战团亲如兄弟的杰出武士们都曾为人类服务。

从荷鲁斯大反乱的噩梦中醒来后，今日帝国的基石也被安放。当帝国中央（原文：AdeptusTerra地球部之意）开始运作时，地球高阶领主议会也随之构筑了行星统治者们的封建职权。最重要的一件事是完成了帝国军事力量的重组。此事由极限战士军团的基因原体罗伯特.格里曼一手操办，他以他特有的速度和效率重构了帝国防卫军、帝国海军和星际战士。在他所有的工作中最有影响力的就是阿斯塔特圣典，这本伟大的书卷确立了星际战士战团基本的战术和组织原则。阿斯塔特圣典规定了星际战团在稳定时期内的创建和训练。用来培育将凡人变成强大阿斯塔特星际战士的移植器官的基因银行应受到认真监管。培养的器官应受到最严格的基因纯洁性测试。年轻的新兵被接受前，需接受严格的心理和身体适应性试炼，只能从中选择最高水平的人。在地球上，帝国中央曾创建了制造和存储星际战士基因种子的基因库。那些银行提供创建新星际战士们的基因核，而为了防止交叉感染，每一个旧军团的基因种子现在都被隔离存放。从此以后，新的星际战士战团只能从自己的基因储备中获得基因种子。叛乱军团的混沌星际战士的基因种子被安置在时间静止的封印里