个战团的船只都拥有自己独特的涂装和标志，好让人一眼就能认出来。

其他星际飞船只占少部分。行商浪人（RogueTrader）的小规模勘察舰队可能会同时拥有两百来艘飞船，但却散布在人类控制的宇宙空间的边缘地带。其他的帝国机构，比如说刺客厅（OfficioAssassinorum）也拥有星际飞船，但这些船的具体信息被严格保密。

私人拥有的星际飞船只占总量的很少一部分。另外，这些星际飞船往往是由私人、公司或商人家族拥有的空间站、采矿船和工厂船，不过这些船很少见。由于星际航行的重要性，强势的帝国只愿意让那些愿意合作的、有用的人拥有能进行星际航行的私人船只。

在星际飞船的私人业主中间，最引人注目的是那些进行贸易的导航者家族。尽管他们中船只最多的家族所拥有的船只相对于还是比较少，但是这些船只代表了巨大的利润。这些船只中，大多数都是古老的家族遗物，维持了几千年，但依然庞大无比、保养良好。

星域（TheSegmentaeMajoris）

帝国划分为五个舰队活动区域，叫做星域（SegmentaeMajoris），尽管这是为了便于舰队的行政管理和控制航运而划分的，星域也发展成了中央政务院所采用的行政区划。

所有的航运都要受五个星域中的一个管辖。每个星域都有一个轨道司令部，叫做星域堡垒（SegmentumFortress），星域堡垒是星域内所有舰队的基地。星域堡垒由内政部的一位高级官员直接管理，这位官员叫星域长（MasteroftheSegmentum）。

地区?中央???北方?????南方?????东方??????西方

星域?太阳星域?朦胧星域???暴风雨星域??远东星域????太平星域

堡垒?火星???奇普拉·蒙迪?巴卡?????卡尔·杜尼亚施?希德拉弗

行省（Sector）：

每个星域下辖若干行省。行省的大小根据当地需要及恒星密度而定，一个典型的行省体积约为七百万立方光年，相当于一个边长约200光年的立方体。

区（Sub-Sector）：

每个行省下辖若干区，一个区一般由半径10光年内的2至8个星系组成（有的区可能有更多的星系，有的区可能只有1个星系）。区的大小是由星际飞船的实际巡逻距离决定的。由于区是由（相邻的几个）世界组成的（而不是由空间的大小决定的），每个行省中都有许多空间没有被编入某个区内，这些空间就叫做行省内空间（Intersectors），通称蛮荒地带、禁忌地带（forbiddenzone）、空旷宇宙（emptyspace）或边缘空间（frontierspace），蛮荒地带也许会有气体或宇宙尘组成的星云、无法到达的地带、外星人统治的星系、未曾探索过的星系、无人居住的星系和无法居住的世界。

舰队

人类帝国的星际飞船包括商用船只、作战舰艇、民用船只和其他一些有特殊用途的船只。这些船只都被编入专门的舰队：商船队、战争舰队和民船队。每个星域都有自己的商船队、民船队和战争舰队。比如说，太阳战争舰队（WarfleetSolar）就是太阳星域的战争舰队，太平商船队（MerchantPacificus）就是太平星域的商船队、暴风雨民船队（CivilusTempestus）就是太平星域的民船队，其他依此类推。

商船队（TheMerchantFleet）

商船队拥有帝国的近90%的（可进行恒星际航行的）宇宙飞船。每个商船队都以帝国的五个星域之一为基地活动，其行政人员在每个星域的星域堡垒上工作。例如：太阳商船队的基地设在火星，而北部地区——朦胧星域——的商船队的基地就设在奇普拉·蒙迪。尽管这些舰队基地拥有巨大的港口，港口里配有船坞、造船厂和修理设施，舰队基地的主要作用还是管理在其管辖范围内的商船队的活动。只有一小部分船只曾经到在理论上它们所隶属的星域堡垒。

每一艘商用船只都要与商船队签订一份协议，这种协议叫做贸易契约（merchantcharter），签订了契约的船只要按照契约为商船队服役。契约并非千篇一律的——有些契约能给签约的船长提供比其他人更大的权力和更多的责任——但所有契约的形式都是封建式的宣誓效忠，船长要向代表皇帝的商船队当局宣誓，然后还要将宣誓记录在他所属星域的星域堡垒与火星上的星域堡垒中，这些手续完成之前，船长不得为他的船只注册。

民船队（CivilFleet）

尽管帝国的绝大多数星际飞船都隶属于商船队，仍然有数千艘船只是登记为个人、家族或贸易卡特尔所有的。所有的私人船只都要在授权给他们的航线上航行，这些航线是由各星域的负责管理航运的舰队当局授权给他们的。私人船只必须购买在某条特定航线上航行的许可证，在一